In einer hochtechnologisierten Stadt voller Menschen mit übernatürlichen Kräften nutzt Mikoto Misaka ihre besonderen elektrischen Kräfte, um mysteriösen Vorfällen auf den Grund zu gehen. Gemeinsam mit ihren Freundinnen deckt sie düstere Experimente in der Wissenschaftsstadt auf und versucht, das Leben der Bewohner zu beschützen.